Ниндзюцу - неопределённое выражение, имеющее ввиду почти любую технику, для выполнения которой необходима чакра, дающая пользователю исполнять что-либо, что он иначе не смог бы сделать. Самые ранние формы ниндзюцу, как говорят, были созданы первым владельцем Риннегана. В отличие от гендзюцу, которое погружает противника в иллюзии, эффекты ниндзюцу весьма реальны. Для исполнения данных техник полагаются на чакру и, чаще всего, на ручные знаки (ими). Руки помещают в последовательные положения, которые формируют чакру в необходимом количестве для выполнения дзюцу. Однако это не всегда является обязательным, некоторые простые техники становятся второй природой опытного шиноби, после чего он может выполнять и контролировать их с помощью своей силы воли. Кроме того, некоторые ниндзюцу могут быть классифицированы как природные дзюцу, это происходит при использовании определённой стихии (земли, огня, молнии, воды, ветра).